1995年7月大連海事大學與國家海洋局大連環(huán)保研究所聯(lián)合籌建海洋環(huán)境工程學院。掛靠于輪機工程學院。2000年12月學校院系調(diào)整，該學院獨立并更名環(huán)境科學與工程學院。
學院下設環(huán)境工程本科專業(yè)，具有環(huán)境科學碩士、博士學位授予權。學院本部下設三個教研室，一個研究所和一個實驗中心，包括海洋環(huán)境化學教研室、海洋環(huán)境工程教研室、環(huán)境監(jiān)測與評價教研室、環(huán)境工程研究所和環(huán)境教學與科研實驗中心。學科方向覆蓋海洋環(huán)境工程、海洋環(huán)境化學、環(huán)境污染治理、環(huán)境規(guī)劃管理和環(huán)境生物技術等。
學院擁有以工程院士、特聘教授和教授為帶頭人的思想活躍的學術梯隊，以博士、碩士等構成的具有豐富教學和科研經(jīng)驗的師資隊伍，以高素質(zhì)人員構成的管理隊伍。擁有27名在聘教職工和近10名兼職教師，共有14名教授或研究員，其中有5名博士指導教師和10余名碩士生指導教師。
海洋環(huán)境科學與工程學院是培養(yǎng)環(huán)境科學、環(huán)境工程、環(huán)境規(guī)劃與管理、環(huán)境污染治理以及環(huán)境監(jiān)測與評價等方面高層次人才的重要教學基地。學院承擔國家自然科學基金重點項目、交通部重點科技項目、省重點攻關項目及省科委基金資助項目多項；還承擔大型企業(yè)、集團委托的科技攻關項目。
2002年初，本院環(huán)境科學學科被確定為遼寧省重點學科。環(huán)境科學與工程學科被確定為交通部"十五"期間重點建設學科。
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